Klinger erwarb 1903 auf Empfehlung seines Freundes und Hausarztes Dr. med. Rudolf Schenkel, der dort selbst ein bedeutendes Anwesen besaß, den unteren Teil des heutigen „Klingerberges'' mit dem barocken Weinberghäuschen. Den oberhalb gelegenen Teil des Hangs pachtete Klinger hinzu. Klinger stand zu dieser Zeit im Zenit seines Erfolges, er war 46 Jahre alt und einer der einflussreichsten Künstler des deutschen Kaiserreiches. Auf dem Weinberg in Großjena, abseits der hektischen Großstadt Leipzig, fand er den ersehnten Rückzugsort. Klinger schrieb am 14. September an seinen Freund Alexander Hummel „Ein Fleck Erde, nicht zu weit vom Plagwitzatelier - doch weit genug, um entrückt zu sein der Wüste von Mauersteinen und Zeitungen, so man heute, moderne Stadt' ein Weingärtchen ist - und daß es gleich 2 Weingärtchen sind, das gefällt mir. […]“

Weinberghaus und „Schafstall" waren bereits 1903, unmittelbar nach dem Erwerb, durch den Naumburger Baumeister Gustav Menzel saniert worden. Klinger bat ihn am 27. Mai 1903 „einmal anzusehen, ob es nicht zu machen wäre, das Haus innerlich umzugestalten und zwar so, dass in der rückwärts gelegenen Giebelseite eine Art Atelier mit erhöhtem Fenster eingerichtet werden könnte, im vorderen Theil eine kl. Küche, Zimmer und Oberstübchen, für Leutewohnung“. Klinger ließ das auf seinem Grundstück befindliche bescheidene Winzerhäuschen für sich einrichten, das Gebäude auf dem zunächst durch Pacht hinzu erworbenen oberen Weinberg für seine Lebensgefährtin der Wiener Schriftstellerin und Frauenrechtlerin Elsa Asenijeff. Klinger genoss die häufigen Aufenthalte in Großjena so sehr, dass er 1906/07 auch den gepachteten Teil des Weinbergs erwarb. 1909 konnte Klinger sein Anwesen durch den Kauf eines angrenzenden Weinbergs noch einmal beträchtlich vergrößern. Der Auftrag für den Umbau des oberen Weinberghauses zu einem komfortablen Wohnhaus erging 1910 abermals an den Naumburger Baumeister Gustav Menzel. Bereits im Juli 1911 veranlasste Elsa Asenijeff die heimliche Anlieferung der Küchenmöbel, um „Klinger damit [zu] überraschen". Anzunehmen ist, dass zu diesem Zeitpunkt der Umbau abgeschlossen war.

Nach Klingers Tod 1920 ging dessen gesamtes Erbe, darunter auch der Weinberg, an seine Frau Gertrud. Diese verkaufte den gesamten Weinberg 1931 an die Stadt Naumburg, sicherte sich aber ein Wohnrecht bis 1946 zu. Bereits in diesem Kaufvertrag wurde der Wunsch durch Gertrud Hartmann (verw. Klinger) geäußert, „in den vorhandenen Räumen ein Klingermuseum zu errichten". Bis 1955 war das Wohnhaus Klingers durch Familie Hartmann bewohnt, die der Stadt 1946 einen Teil des noch vorhandenen Klinger-Nachlasses vermachte. Da Waltraute Kraut, die Tochter Gertrud Hartmanns und rechtmäßige Erbin, die Erbschaft 1955 nicht antreten konnte, übernahm die Stadt den Nachlass. Dieser umfasste einen Großteil des Inventars, also Möbel und eine große Anzahl von Kunstwerken, darunter Gemälde und eine Vielzahl von Zeichnungen und Drucken.

Teile des Wohnhauses als auch des „Radierstübchens“ wurden Anfang der 1960er Jahre Weinbergsarbeitern als Wohnraum zur Verfügung gestellt. Jeweils ein Raum in beiden Gebäuden war der Öffentlichkeit zugänglich. Obwohl die Aktenlage sehr lückenhaft ist, kann man doch mit Sicherheit sagen, dass zu diesem Zeitpunkt die „Klinger-Gedächtnisstätte" über einen reichen Bestand an Ausstellungsstücken verfügte. Baulich vernachlässigt und mangelhaft gesichert, muss in der Zeit bis 1967 ein Teil des Nachlasses Klinger-Hartmann vermodert bzw. abhandengekommen sein. Beide Häuser wurden 1967 geräumt, da das Dach des Wohnhauses marode war und erneuert werden musste. Da die Mittel fehlten, das ursprüngliche Dach wiederherzustellen, erhielt das Wohnhaus einen sogenannten „Typendachstuhl“ von einem Standard-Einfamilienhaus. Dies veränderte die Optik des Gebäudes radikal. Die bis dato noch vorhandenen Möbel, welche sich in einem desolaten Zustand befanden, wurden vernichtet. Den noch vorhandenen Restbestand an Kunstwerken übergab man dem Naumburger Stadtarchiv, wo er unerfasst lagerte und im Lauf der folgenden Jahrzehnte zum größten Teil abhandenkam.

1971 entstand im Radierstübchen eine kleine Klingerausstellung, der bauliche Zustand des Wohnhauses hingegen blieb weiterhin unbefriedigend. Das Gelände auf dem Klingerweinberg mutierte im Zuge der Übernahme durch den Kulturfond der DDR 1980 zum Ferienobjekt für Künstler. Das Wohnhaus umgestaltet zum Klubhaus, bot nun Kunstschaffenden Raum, sich künstlerisch zu verwirklichen.

Nachdem die „Stiftung Kulturfonds“ das Gelände 1992 wieder in Erbpacht an die Stadt Naumburg „zur kulturellen Nutzung“ übergeben hatte, wurde die umfangreiche Sanierung des Gebäudes 2004 bis 2006 in Angriff genommen. Die An- und Umbauten der 1960 und 1980er Jahre wurden ebenso beseitigt wie der unpassende Typendachstuhl, so dass das Wohnhaus Max Klingers wieder das Erscheinungsbild hatte, das sein Erbauer einst anstrebte. Seit Juni 2006 präsentiert das Max-Klinger-Haus saisonal eine Ausstellung zum Leben und Werk Max Klingers.